Filezilla - Como remover quebra de linhas duplas em arquivos baixados por FTP

Configure para transferir arquivos em binário.

No Filezilla vá em:
Editar > Configurações > Transferências > Tipos de arquivo

Selecione a opção binário e dê OK


Fonte: https://wordpress.org/support/topic/downloaded-theme-files-from-ftp-are-double-line-spaced?replies=9