Ubuntu - Criar atalho de um comando no desktop ou no Unity

No exemplo, vamos criar um atalho para abrir o Nautilus.
Crie um arquivo no seu desktop chamado "explorer.desktop" com o seguinte conteúdo:

explorer.desktop

[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=Abre o Nautilus
Comment=Simplesmente abre o Nautilus
Exec=nautilus
Icon=/usr/share/icons/gnome/32x32/apps/system-file-manager.png
Terminal=false
Type=Application
Categories=Application;

Depois vá no terminal e dê permissão de execução:

cd ~/"Área de Trabalho"
chmod +x nautilus.desktop

Feito isso, você já pode arrastá-lo na sua barra de atalhos do Unity também.
Fonte: https://help.ubuntu.com/community/UnityLaunchersAndDesktopFiles