Depois de muitas tentativas a solução foi instalar o dkms (Dynamic Kernel Module Support) através do comando abaixo:
sudo apt-get install dkms
E aí sim executar o comando para reinstalar o módulo do kernel do Virtual Box:
sudo /etc/init.d/vboxdrv setup
Fontes:
http://askubuntu.com/questions/41118/virtualbox-kernel-driver-not-installed
http://en.wikipedia.org/wiki/Dynamic_Kernel_Module_Support
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