Shell - Remover e substituir espaços por underline dos nomes dos arquivos

Vá até a pasta com os arquivos que quer executar essa ação e digite:

for i in *; do mv "$i" "$(echo $i | sed 's/ /_/g')"; done

Um detalhe para o g(global), pega todos os elementos, sem ele pegaria somente o primeiro espaço.
http://www.devrecipes.com/2009/09/23/shell-script-to-remove-spaces-in-file-names/